第二阶段有限打击行动持续到6月1日凌晨0时0分。
按照“时间表”的承诺，第二阶段有限打击行动的强度降低了二分之一，大部分作战力量撤离战区，主要作战任务由空军承担，海军也部分解除了战略封锁，允许向日本输送包括粮食与燃油在内的更多的人道主义救援物资。
不是共和国军队不想打，而是找不到多少可以打的目标。
经过第一阶段的全面战略轰炸打击行动，日本本土的有价值目标已经所剩无几。为了寻找打击对象，军情局还调动数颗军事侦察卫星与民用遥感卫星，花1周时间拍摄日本全境数字地图。不可否认，肯定有“漏网之鱼”，第二阶段有限打击行动的主要任务就是消灭“漏网之鱼”，确保日本无法在战后迅速复苏。
实际上，这一阶段的打击行动多少有点多余。
随着春季到来，在只能向伊豆诸岛转移350万人口的情况下，留在本土的数千万难民最多只能生存2年。即便到达伊豆诸岛的350万日本人中有200万处于最佳生育年龄（18岁到24岁）的女性，以最快的速度繁衍后代（平均1年1胎），婴儿存活率高达100%，2年之后日本只剩下750万人口。算是侨居海外的1000多万日本人，2年之后日本的国民人口不会超过2500万，其中劳动力不会超过2000万。
这还是理论计算结果，实际情况肯定糟糕得多。
按照日本在第二次世界大战之后迎来的生育高峰，需要大概30年，日本的人口数量才有可能超过5000万，为大国地位打下基础。
由此可见，即便共和国立即停止战略打击，日本也无法在战后迅速恢复元气。
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