作为内阁首辅，高拱负责的是吏治改革方面。吏治是国家政治制度的基本制度，吏治败坏是政治败坏的产物，而它的败坏，又反过来催化了政治的败坏。不仅会招致吏治腐败、官场黑暗，而且使大明朝陷入了边事废弛，财政困难，民众困穷，社会动乱的窘境。
对于大明吏治的根本问题，高拱在《除八弊疏》中，已经有了深刻的阐述，然而要进行改革，还必须将其具体化，然后对症下药，高拱在一系列奏疏中，便一一列出：
其弊一，选官不问其才，升官只论资格。这是用人制度上最大的弊端。原先太祖时期，选官唯用其贤，毋问其资格。然而宣德后，渐渐以资格为论。高拱的《议处科目人才以兴治道疏》中，说州县正官以上的官员，进士具其七，“其系进士出身者，则众尚之，甚至以罪为功。其系举人者，则众薄之，甚至以功为罪。”事实上，科甲官普遍存在着眼高手低，不通政事的毛病，只会虚文应上，急政沽名而已，而真正能行实政、及于民者，却寥寥无几。反而那些举人出身的科贡官，因为长期从事事务性工作，对民生政务要更加熟悉，也更适合担负牧民之责。
然而，本朝对于进士官和科贡官，存在着严重的区别对待。举荐、升迁这些优待，全都是进士官的专利；而吃苦受累背黑锅，则是科贡官的待遇，且毫无前途可言。这样非但压抑了大量人才，不利于激励各级官吏勤于政事，为国效力，也助长了科甲出身的官吏的胡作非为。
其弊二，考核失实，赏罚混乱。本朝原有十分完善严格的考核、赏罚制度。然而自成化以来，出现了严重的问题。一是把这考核纠劾作为结党营私、排斥异己的工具。二是毁誉失实，赏罚无章。高拱不仅在奏疏中，揭露了各省抚按官有法不依，任意轻重的状况，还指出官官相护，“对大奸大恶者不敢问而佯作不知，甚至称其高品，纵豺狼以当道，觅狐鼠以塞责。”三是惩汰官吏不从实际出发，循以定额，“数十年来，考察惩汰之数竟有定额，以是袭为故常。其数既足，虽有不肖，姑置不论；其数不足，虽无其人，强索以充。”
其弊三，鄙薄边官及盐、马之官。高拱指出，派往蓟、辽、山、陕等边方的官员，“非杂流则迁谪，非迁谪则才力不堪之人，盖以劣处之也。”对盐马官基本情况，他也作了分析，说“近年以来，实之甚轻，就算是卿使正官，也皆以考不称职，有物议者充之。”
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