关东博士集团遭到致命打击。
淳于越郁愤而死。伏生、羊子等博士惨遭禁锢。还有一些博士既不愿意供职于朝堂，又无法离开关中，无奈之下只好出走咸阳隐居山林，比如崔广、唐秉、吴实、周术等四位博士就带着一些弟子隐居于商山，后被人称为商山四皓。
短短时间内，大秦七十博士存者寥寥，始皇帝用来融合中土文化的博士参政制度名存实亡。
大秦本土研习的是法家学术，各级学府遵从的是“以吏为师”的教育制度，所以《焚书》令对大秦本土影响甚小，但在关东郡国却掀起了血雨腥风。
在激烈对决过程中，做为弱者一方的关东士人在生死存亡之刻也出现了分裂。
信奉变通之术者或者居心叵测者，马上向秦人“缴械投降”，先保住性命再说。留得青山在，不怕没柴烧，只要性命保住，一切均有可为，而关东郡国的秦人当然不会赶尽杀绝，他们还需要这些关东士人的帮助以稳定地方和发展地方势力。
还有一部分关东士人则誓死抗争到底，不但不遵令焚书，还继续聚众叛乱。关东郡国的官长们当然不允许这些人与自己作对，损害到自己的利益，所以痛下杀手，坚决镇压。
中原、河北、山东、两淮和江东等地都出现了坑杀叛逆的血腥事件，尤其两淮的楚王公子昌和江东的吴王公子高，下令坑杀的叛逆都在万人以上，而受到连累的无辜民众多达几十万，其中就包括了不少名士大贤和他们的弟子门生。
按照始皇帝的要求，这些关东叛逆或被发配到北疆，或被流放至岭南，绝不允许继续留在关东为祸。
这场风暴一直延续到第二年的春天才逐渐平息，始皇帝和“集权”贵族集团以极其强硬的手段摧毁了传承数百年的儒家、道家等诸子学术，独尊法学，捍卫了“法治”，《韩非子》一书更是做为法家学术思想得到广泛传播，为大秦继续行进在“法治”轨道上夯实了基础。
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