诸将陆续到达建业，孙策一一召见，与枢密院祭酒朱儁、军师祭酒沮授、军情祭酒郭嘉等人一起，反复讨论，对并州平定后的防务进行了调整。
中军以虎贲营、羽林营和三都护组成：
虎贲营分左右两营：左营武卫将军许禇，右营武猛将军典韦，各领步卒虎贲千人。
羽林营分两营：由羽林左监庞德，羽林右监秦牧，各领骑士千人。
中都护朱治，统中军步骑十营，总兵力五万余人，驻建业。下辖十将军，中领军黄忠，前将军朱桓，左将军吕范，右将军纪灵，后将军张燕，各领步卒五千人。虎|骑将军张辽，豹骑将军张飞，骁骑将军程普，突骑将军文丑，越骑将军韩当，各领骑兵五千人。
左都护孙尚香，设四营，直属兵力两万人，驻关中，节制高顺、吕蒙及白波、黑山诸将。
右都护孙翊，设四营，直属兵力两万人，驻零陵，节制李通、蒋钦及原汝南黄巾诸将。
边军设五大都督：安南大都督太史慈，安北大都督沈友，安东大都督甘宁，安西大都督鲁肃，西域大都督周瑜，各率步骑或水师，直属兵力万人，战时别遣将领配合，酌情增减。
内郡设十二营，各设战区督一人，各将五千人。分别为牛渚督徐琨，南海督黄盖，江陵督娄圭，襄阳督徐晃，汉中督徐庶，黎阳督朱灵，玉门督刘宠，武威督牛辅，朔方督公孙度，云中督马超，白狼督公孙续，度辽督阎行。
另设海外四督：夷州督麋芳，渤海督步骘，朱崖督王凌，朝鲜督董袭。
除了诸将防区进行调整外，孙策又对政区进了大刀阔斧的调整，对辖区过大，无法进行有效治理的州郡进地分割，增设八州、二十一郡，交州一分为三，增设广州、安南，荆州分为南北，长江以南称楚州，零陵、武陵、桂阳皆予分割，扬州增设福建、庐陵二郡。凉州、幽州也不例外，因地制宜，进行分割。
尚未收复的益州也进行了分割，长江以南分出贵州，范围最大的牂柯、汉昌、巴郡各分割为三四个郡。
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