第一阶段剧情的最后，主角在探索的过程中不断发现更多虫族猖獗活动的痕迹，并听从指挥官的命令不断探索。但在调查某个可疑地点的时候，主角的小队突然遇到了大量的虫族，仓皇之间想要撤退，但虫海已经将他们完全包围。
主角的小队在激烈的战斗之后，终于杀出一条路，与前来接应的小队会和，但就在这时，地底下突然毫无征兆地钻出来一条沙虫，一下子咬住主角的左臂，将他拖入了地底。
主角跟自己的小队失散了，等回过神来的时候，他已经来到了地底的洞穴中，这里是虫族的巢穴之一。
而从这里开始，游戏则是进入了第二阶段的剧情。
主角使用防护服的潜行能力小心翼翼地在虫族的巢穴中寻找出口，游戏的玩法也从FPS变成了潜行为主、射击为辅，只有在小部分不被发现的情况下才能开枪消灭敌人。
主角在虫族巢穴中要避开那些强大的虫族，同时还要不断地找寻出口，在这期间内，他所有的补给都来自于跟他差不多的被拖入虫族巢穴的人类战士。
这些人就不像罗舟这样好运了，他们基本上都没能逃出虫族的巢穴，虫族把他们的尸体残骸啃食殆尽后，破烂的防护服、护甲板、能源块等等，就全都堆积在了巢穴中。
每隔一段距离，罗舟都能找到一些虫族的垃圾堆，在里面可以找到一些能废物利用的补给品，以此维持自己防护服的能源和子弹的补给。
在第二阶段，玩家基本上是处于完全孤立无援的状态。跟外界的通讯被切断，也无法很好地确定如何离开虫族巢穴，物资极度匮乏，而且虫族的数量完全超乎想象。
在这个阶段，游戏难度稍有提升，但并没有提升到很高的程度。没有了队友的支援，主角必须自己解决所有的麻烦，这可能会让玩家们回忆起队友的好；即使拿到了资源也无法换成物资，想要获得补给只能去翻垃圾堆，不管是子弹还是能源都必须特别节省；见到虫族也不能无脑开枪，而是要根据敌人的特点决定是要暗杀、射杀还是避开。
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