【天神小学失踪事件】
筱崎家族拥有极强的通灵能力，并从西方获得《影之书》，学习了其中的黑魔法……然而异能再强肉体还是渣，该死还是得死。
55年前，天神小学表面上德高望重、受人尊敬的校长柳堀隆峰突然兽|性大发，试图X侵年轻貌美的保健老师筱崎芳惠。柳堀隆峰在追赶筱崎芳惠的途中，不小心将筱崎芳惠推下楼梯，致使其摔断脖子，当场死亡。筱崎芳惠的女儿筱崎幸子目睹了这一切，柳堀隆峰为了掩盖罪行，掐死了筱崎幸子，并将筱崎幸子的尸体掩埋于地下室，并制造出筱崎芳惠是死于意外的假象——筱崎芳惠和筱崎幸子的灵能力在死后终于发挥作用，幸子成为了恶灵，在母女俩滔天怨气的驱使下，发动自己的能力，制造出能够与现世链接的异空间。
直至20年前，在幸子的影响下，柳堀隆峰的儿子柳堀义雄将三名小学生残忍杀害……因为母亲的愿望，幸子追求的并不仅仅是复仇，她要让更多的孩子成为祭品。此后，死去的孩子的怨念留存于异空间，异空间的力量越来越强，不断有孩子失踪，最后天神小学被迫废除关闭并拆除。
然而，天神小学的怨念始终存在，通过一种名为《幸福的幸子小姐》的“祈福”仪式可以让人到达天神小学，进去的人会被怨气所侵染，慢慢黑化、狂暴，相互猜疑并杀害他人，兼之还有恶灵徘徊杀人，很少有人能活着出来，死者越来越多。
【死神小学生杀人事件】
高中生侦探工藤新一在与青梅竹马兼女友毛利兰一起去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣男子。在跟踪他们到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态！
考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”寄住在女友毛利兰的家中，以阿笠博士发明的工具借用毛利小五郎的名头一边杀害日本人……啊，不对，一边破凶杀案一边寻找黑衣人。
某日，铃木园子上网碰巧看见《幸福的幸子小姐》的“祈福”仪式，提议和好友毛利兰来这么一次，刚好来毛利侦探事务所找柯南玩的吉田步美、小岛元太、圆谷光彦也乐呵乐呵地要加入进去，尽管柯南和灰原哀顶着一副“这种迷信的东西有卵用”的死鱼眼，但还是被朋友们逼着一起进行“祈福”仪式。
于是，他们全员进入《天神小学》，警察调查侦探事务所的监控录像，看见了全员瞬间消失的灵异画面，束手无策。
（附带一提：假如认可怪盗基德是柯南的正常角色而不是乱入角色的话，几乎可以认为《柯南》与《魔术快斗》是同一个世界，那么我要告诉你们一件事——《魔术快斗》里面可是有魔法存在的。）
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