当中原大地上纷争四起、兵戈不休的时候，隔海相望的日本列岛，也同样陷入了遮天蔽日的战火之中。
宽永九年夏，新崛起的西国霸主，几年前刚刚改信基督教的长州藩毛利家，在以“护教圣战”而发动的新一轮九州攻伐之中，拔掉了幕府在九州岛上的最后几个据点。随后，藩主毛利秀就终于公开提出倒幕口号，动员西国“切支丹”大名组成一支基督教倒幕联军，打着十字旗浩浩荡荡地开始了“上洛”的征程。
而坐镇近畿准备迎战的幕府将军德川家光这边，却是流年不利——进口西洋火器、聘请荷兰顾问，花费巨资编练起来的五千幕府新军，被突然降临的二十一世纪穿越者军队轻易歼灭，导致幕府军的实力大为衰减。而且，德川家光最信赖的重臣保科正之（未来的会津藩始祖）也没于战阵，让德川家光将军在决战之前就痛失臂膀，而幕府阵营全军上下更是士气萎靡，斗志颓丧。
于是，当倒幕军逐步剿灭沿途那些忠于幕府的藩国，最终大举攻入近畿的时候，幕府军的抵抗相当软弱无力，在姬路城和淀川组织的两次合战，都被已经装备着近代化火器的毛利军打得惨败。而还在用安宅船和小早船的幕府水军，更不是已经装备了西洋帆船的毛利水军的对手。
到了十月初，德川家光将军眼看着近畿战场一片土崩瓦解，己方大势已去，索性下令火烧京都，裹挟明正女天皇和其余皇室成员逃往江户，只留下幕府老中松平信纲，率领四千旗本武士和一万杂兵坚守大阪城，利用这座著名的坚固城堡尽力拖住倒幕军的脚步，为江户幕府在关东的筹饷募兵争取时间。
十月十日，毛利秀就藩主率军进入已经被烧成一片焦土的京都。至此，长州藩毛利家的上洛之役初步宣告成功。但近畿地区的战事，却远远没有结束——没得长州藩上下得意多久，就发现他们这一次貌似成功的上洛，并没有意味着畿内战局的尘埃落定：跟事先想象的完全不一样，在倒幕军攻占京都之后，畿内各地并没有传檄而定，反倒是民变蜂起、战火燎原，让毛利家一脚踏进了“人民战争”的泥潭之中……
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