为什么国民党搞清党，却要连自己的党员也大批杀掉？
因为在国共合作之初，共党在国民党内的组织活动是秘密的，除少数中共要员外，绝大多数党员的身份并未公开，所以清党最大的困难就是分不清谁是共产党。而把这么多国民党员全部抓起来一个个审讯盘查，又实在是太麻烦，如果拖延日久，难保不会生变（譬如南昌起义）。
于是，蒋介石和汪精卫索性就来了个一锅端，清党的军队一到地方，就立即将当地县、乡或区的国民党部人员集体关押或杀害，根本不分什么国、共——这才是“宁可错杀一千，不可使一人漏网”这句口号的真正含义！根本就是在下令要良莠不分，把全体国民党基层党员和“疑似共产党员”统统杀光！
除了蒋介石和汪精卫这两位带头人之外，后来才加入国民党阵营，只换了面旗就成为“革命军”的各地新军阀，在清党过程中更是异常卖力地推波助澜。
例如白崇禧就一边向蒋介石进谏说，清党工作不能再搞下去了，不然整个党组织都要被弄没了，一边又让桂系的人在蒋介石的老家浙江抓清党工作，杀国民党杀得比谁都厉害——因为这些新军阀都很清楚，趁着这个机会把国民党糟蹋得越厉害，蒋介石接手的摊子就越烂，而日后要反蒋倒蒋也就会越容易。
而且，在此次清党过程中，某些貌似温文尔雅的文人和“公共知识分子”，也露出了狰狞残忍的真面目。
——蒋介石在上海发动“四一二”时，著名教育家、北大校长蔡元培就是幕后主谋之一，他还与当时的著名文人吴稚晖，以国民党监委的身份一起起草了清党的决定，领衔发出了清党通电，之后又亲自主持江浙地区的清党工作，把浙江国民党的基层干部一扫而空，直杀得人头滚滚、血流成河，颇有当年曾剃头（曾国藩）屠杀太平军的风采，可见这些读书人的心肠之凶狠。
而吴稚晖更是公然说过：“……（中共）留在世界上是祸水，送监狱是多事，倒不如直接杀了省事。”
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