虽然大明也设过总督宣大、山西诸镇军务兼理粮饷的大员，不过那些职位历来都是文人官员担任，很多还是加有大学士衔的六部大员，如果黄来福的任命成真，那他将成为明末第一个以武人身居如此显赫高位者。
如果说仅仅让黄来福总督两镇军务，而不兼理粮饷的话，或许文官们的内心还会好受些，但万历皇帝让黄来福总督两镇军务的同时，还兼理两镇的粮饷，这就由不得他们强烈不满了。
眼下的大明，文官地位之所以远远居于武官之上，其中一个最重要的原因就是，他们控制着地方各镇卫所武将们的命脉——粮饷财政。如果如明初一样，大明的武将们在粮饷上大体都能自足，文官们自然没什么能实质控制武将的地方。
不可否认的，文官们的嗅觉是灵敏的，在万历皇帝诏拟黄来福总督两镇的消息一放出来，他们就想到了那可怕的前景，如果此例一开，武将们都能主理各镇军务与粮饷的话，那他们的权势将大大增强，到时各镇文官们怎么办？
一想到那个暗淡的前景，众人是不寒而栗。一时间，反对这个任命的人潮络绎不绝，甚至很多人还喊出极为诛心的言论：“此例一开，唐季武人祸国，藩镇割据就在眼前！”
在这种反对的浪潮下，内阁与兵部的官员们都表现出了自己的骨气，不愿意在万历皇帝发下来的圣旨上副署。这让万历皇帝大怒，他是个极为坚持的人，而且有一个脾气，如果看谁顺眼的话，便会自始至终地维护他。
当年李如松人称武将中嚣张跋扈第一人，几十年中，百官弹劾他的奏疏超过一千份，不过万历皇帝始终袒护他。不论李如松在活着还是死去，他都享尽了哀荣，眼下万历皇帝对李如松这种维护又转到了黄来福身上了，他非常相信黄来福对自己的忠诚是不会改变的。
万历皇帝放出话来，如果各部还是不肯副署自己任命旨意的话，他将利用中旨的形式直接下令，而且那六百万两日本人赔款也将考虑迟些转交给户部百官。
在万历皇帝这种威胁下，各部官员屈服了。他们现在不想与皇帝闹得这么僵，他们互相安慰道：“事情还不是那么糟，黄来福只是个异端人物，不代表整个大明武将都是这种人物！他是第一个，也是最后一个，对于他，以后有的是方法应对。”
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