万历二十八年底，黄来福领军回到五寨堡。平播得胜，将士均有封赏，加上家人团聚，大家都是不胜欢喜。
大规模的庆祝多日后，黄来福才重拾中断多日的两镇政务。虽然黄来福离开山西大同两镇近一年时间，不过镇内并没有出现什么异常情况，两镇五年计划仍是按原定计划如火如荼进行，一切都是井井有条。
此次黄来福领两镇兵马出战，两镇军队的战果，也证明了先前黄来福对两镇军务改革的成功之处，因此黄来福回来后，这些治理继续进行。此外黄来福回山西后，押解回来的许多播州俘虏，也是打散了分布到各农场及矿山上干活。这些俘虏中的土人军官己是尽数被黄来福挑出来杀死，这些普通的俘虏可说都是一盘散沙，没有丝毫的组织力，因此他们对黄来福的安排没有任何的反抗之力。
虽然争论多，但山西大同两镇这一年来大体平静，按照黄来福的五年规划平稳进行。不过放在大明别地，这一年来可不平静，沸沸扬扬的大多还是百官与万历皇帝的矿务之争。
而在这一年中，百官也欣喜地发现了自己多了许多攻击皇帝的地方，比如利用天灾。
由于小冰河灾害影响的加深，在万历二十八年一年中，从年头到年尾，大明的灾害都是频繁发生，很多还是大灾。比如四月十五日这天，山东全省就冰雹成灾，莱州府的潍县冰雹大如鸡卵，将境内所有麦苗伤压无存，还打死男妇牛驮众多，济南府淄川县冰雹更是如卵如碗，毁去民房数千间，打伤麦田数百顷。
七月十八日这天，福建兴化府怪风大雨大作，连续五天五夜，境内官舍民庐塌溃十之七八。八月二十三日，广东南澳及福建诏安又是巨大地震，境内民房倒塌殆尽，人民压死无算……
除此以外，还有大大小小的灾害无数。而这一切，都被文官们引为上天的警示，他们无心去管理灾害下的百姓生活，而是利用此来大力攻击万历皇帝的开矿榷税政策。认为这都是因为万历皇帝的与民争利，才惹来上天的一系列震怒。加上这一年中，因为开矿之事，武昌与临清民变，更被他们大肆利用，一波波的奏疏递入内阁，虽然最后都被万历皇帝压下来，不过也是让他心力交瘁，大感吃不消。
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