除了满清派遣的驻藏大臣之外，在藏人们的心中，活佛才是他们的最高领袖。包括班禅喇嘛和达赖喇嘛，同属藏传佛教格鲁派中的两大活佛。班是梵文“班智达”禅是藏文“钦波”的简称。藏人一般相信班禅是“月巴墨佛”即阿弥陀佛的化身。而达赖喇嘛为观音菩萨的化身，蒙古可汗是金刚手菩萨的化身，满清君主是文殊菩萨化身。依此说法，达赖喇嘛和蒙古可汗分别是班禅喇嘛的左右胁侍。
1645年，蒙古固始汗入藏，封四世班禅为“班禅博克多”，“博克多”是蒙古语（意即睿智英武），即为第一班禅。格鲁派确认他为四世班禅，追认宗喀巴的门徒克珠杰为一世班禅，索南却朗为二世班禅，罗桑丹珠为三世班禅。
1713年清朝康熙帝封五世班禅为“班禅额尔德尼”，“额尔德尼”是满语的蒙古语借词，意为“珍宝”，并加封以前各世班禅，从此这一活佛系统得此封号。其驻跸地为日喀则的扎什伦布寺。班禅的影响主要在后藏，以日喀则为中心。
而达赖喇嘛，则是顺治十年（1653），清世祖福临正式册封达赖五世罗桑嘉措为“达赖喇嘛”，承认达赖在西藏的政治和宗教地位。
班禅和达赖，两大活佛，成为了藏民们心目中的精神信仰和寄托。
现任班禅是七世班禅丹白尼玛，意为“佛日”，系后藏白朗宗吉雄溪卡人，出生于藏历第十三绕迥之水虎年（1782年，清乾隆四十七年）四月八日。父名巴丹敦主，母名季美甲姆。
六世班禅巴丹益喜圆寂以后，共找了四个转世灵童。扎什伦布寺派出六世班禅的苏本堪布前往四个“灵童”的家属进行明察暗访，并拿出六世班禅生前用过的茶杯、铃杵、念珠等，让“灵童”自己挑选，以行试验。据说只有白朗宗吉雄溪卡的“灵童”选出的器物，都是六世班禅用过的。于是苏本堪布首先肯定这个“灵童”确系六世班禅的“转世”。于是扎寺即请驻藏大臣博清额转奏清高宗予以批准。1782年，清高宗批准了奏请。七世班禅完成了认定手续。
现任达赖则是十一世达赖，凯珠嘉措，现在还是一个只有九岁大的孩子而已。
满清的灭亡，对高原上产生了巨大的影响。一些心怀不轨的人，开始了积极的行动。
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