南方军攻占武昌的战斗并不算激烈，只是在汉口有短促的激战，古小林第七旅部队横渡长江，与据守汉口的第二师第四旅（原黎元洪混成协四十二标）发生交火。四十二标的抵抗是自发的，并不算有组织的战斗，一部分忠于民国政府的军官控制的部队在刘家庙、俄租界附近与渡江的七旅十九团、二十一团部队交火，几发迫击炮弹落入租界，事后引发了俄国领事的抗议。民军的抵抗迅速被粉碎，民军部队或者缴械投降，或者脱去军服丢掉枪械逃散了。而在汉阳方向，南方军第七旅二十团、第三旅八团基本没有遇到抵抗，被黎元洪重新掌握的第二师第三旅（原二十一混成协第四十一标）放弃抵抗，整体向蒙山军投降。汉阳钢厂、军火厂基本完整地落入了蒙山军之手。
黄兴再次逃脱。估计是走陆路潜往了江宁。但宋教仁、谭人凤、孙武等人均落入蒙山军之手，或许他们本就不想走。
至9月27日，武汉三镇已基本在蒙山军的控制之下。
龙谦获悉武昌已经占领，洪粤诚已获安全，命洪粤诚负责组建武昌军政府，龙谦自领大都督，立即恢复武昌之秩序，迎接蒙山军总部的进驻。
电文发出的同时，留驻长沙的蒙山军总部分批出发，迁往武昌。
龙谦在离开长沙之前，与山东军、北方军主要指挥官们就组建全国性的临时政府以及选择首都进行了一番函电交驰的讨论。宁时俊、陈超、鲁山、石大寿均建议龙谦立即北上，以北京为中央政府所在地，因芦汉线已经控制于蒙山军之手，交通问题已然解决。自武汉北上，总部可以乘坐火车了。
圆满完成联络袁世凯使命的方声远也持同样立场。方声远看的比鲁、宁、陈、石等人更远一些。方声远以为，建都之地，不外北京、西安及江宁三地，因国家政治军事经济的重心东移，西安已经失去了建都的基本条件——它离军事政治的核心区域太远了！比较北京及江宁，北京的条件更好一些——有现成的办公场所，外国驻华使节均在北京，更主要的是，北京是满清二百余年的都城，旗人及拥护满清的力量相对雄厚，又是北洋的大本营，蒙山军总部及中央政府进驻北京，以其为首都，可以震慑反叛，以利安定。
叶延冰及封国柱建议将首都设在济南。认为山东乃蒙山军大本营，民心早附，工业基础又好，而且，建都济南，可以安抚为夺取全国政权付出重大牺牲的山东民众。
王明远、洪粤诚却建议将首都设在武昌。武昌位于南北交通的枢纽，湖广为天下粮仓，又有张之洞数十年苦心打造的工业基础，具备建都的基本条件。俩人不约而同地提出另一个重要理由，即组建中央政府需要一个过程，万不可学习孙文的办法——那本是一个笑话。王明远认为需要实施一个时期的军事管制，待全国局势基本稳定，公开的反对派基本被消灭，然后再从容建立中央政权机构。王明远认为这个时间至少需要两年，洪粤诚则认为需要一年足够。武昌可作为蒙山军总部驻地，待条件具备，再从容议定首都的所在。
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