日本在正式对德奥宣战后，首先行动的不是陆军而是海军。根据与协约国商定的分工，日本海军将组织南遣舰队，负责保障西太平洋航线的安全并夺取德国在赤道以北的全部岛屿，包括马里亚纳群岛，加罗林群岛，马绍尔群岛，帛琉群岛以及太平洋海底电报的通信中心雅浦岛。为此，日本海军组织了两支南遣舰队，第一南遣舰队在9月12日便南下了。但兵力却原逊于英法的期望，第一南遣舰队由战列巡洋舰鞍马号为旗舰，战列巡洋舰筑波号、装甲巡洋舰浅间号、第16驱逐舰队（2艘驱逐舰）以及运输舰南海丸、远江丸组成。在日本发动对华战争时，第二南遣舰队尚在编成中。
但日本海军主力并未将肃清德国海外殖民地当做第一要务，主力投入到了侵华战争中。至9月15日中日谈判尚未破裂之前，日本海军已将主力编为三个舰队，其中第一舰队由加藤友三郎中将指挥，负责黄海方面哨戒并保护通航。计有战列舰2艘（摄津、安艺），轻巡洋舰2艘（笠置、音羽）以及5艘驱逐舰组成的三支驱逐舰队。
第二舰队负责青岛攻略，由加藤定吉中将指挥，计有4艘战列舰（周防、石见、河内、丹后），3艘装甲巡洋舰（磐手、八云、常磐）、2艘轻巡洋舰（千岁、千代田、）海防舰2艘（冲岛、见岛），水上飞机母舰若宫丸，驱逐舰8艘以及5艘大型运输舰。
为了遏制孱弱的中国海军，日本还组织了第三舰队，负责东中国海方面哨戒，任务是封锁并相机歼灭以上海、广州为基地的中国海军，该舰队由土屋光吉少将指挥，编有战列舰2艘（摄津、石见）战列巡洋舰2艘（金刚、比睿），轻巡洋舰3艘（新高、秋津州、利根），海防舰春日、日进，以及9艘驱逐舰和5艘炮舰。
相比于陆军，日本根本没有将中国海军放在眼里。的确，比起亚洲第一、世界第四的日本海军，中国海军实在是太弱小了。
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