第三新东京市粗略分为上下两层结构，上面是悬空建立的武装要塞城市，下面是巨大的地下空间，包括了NERV总部，湖泊，甚至是森林！
在NERV总部之下，还有大量NERV总部的研发设施，最底层更是囚禁第一使徒的生命之海。
所有的使徒，之所以会冲击NERV总部，原因就是想要进入中央教条区的生命之海，释放亚当，造成第三次冲击。
随着葛城美里的命令，初号机所在位置的城市区域板块，固定栓被爆破，整个板块开始下沉！
第五使徒失去攻击目标！
石磊终于发现了位面意识干扰的异常手段，第五使徒居然没有乘胜追击！
第五使徒拥有飞行的能力，如果第五使徒追到下沉区域，继续攻击初号机，打破初号机A.T.Field只是时间问题，碇真嗣的死亡，也只是时间的问题。
但第五使徒，放弃了追杀！
石磊百分之百的肯定，绝对是位面意识影响了第五使徒。否则，第五使徒不可能不追击。
‘果然如此！’石磊心中叹息，第五使徒虽然很厉害，但还是没有杀死幸运之子，仅仅只是对幸运之子，造成了比较严重的伤害而已。
鉴于这样的情况，石磊不得不冒险开启一项计划，那就是继续让碇真嗣懦弱，将碇真嗣培养成一个懦弱胆小的废物。
也只有那样，在不威胁碇真嗣的生命安全前提下，才可以让碇真嗣的影响力降至最低。
第五使徒打败了初号机，它底部的尖锥变形，形成了螺旋形状的钻头，准备开始向地下空间钻孔。
原剧本里面，第五使徒试图进入了地下空间，最终被初号机和零号机，配合正在研发的阳电子炮消灭。
但现在，葛城美里瞪了一眼石磊之后，直接命令道：“零号机准备战斗！”命令发布之后，葛城美里再次看向石磊，终于发现石磊有几分紧张的情绪。
凌波丽与碇真嗣不一样，凌波丽以任务为主，将自身性命放在第二位，如果单独面对第五使徒，还真的很危险。
石磊看着NERV指挥室的全景显示墙，发现凌波丽驾驶的初号机弹射出去之后，石磊拍了拍犬坐在旁边的白化胖畸形魔，轻声道：“走，干活了！”
白化畸形魔立刻跟着石磊离开指挥室，向地面通道走去！
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