南方军务参谋总部按照省为单位做出二级序列的增设，将整个“执政府联军”规划为七个师团，每个师团代表一个省的兵力。师团司令部派遣军事联合会官员进驻，负责统计、参谋和联络工作。
第一师团为广东部队，辖下三十七师、三十八师、三十九师和广东第一骑兵师。师团总司令为吴绍霆，总参谋长何福光。
第二师团为广西部队，辖下广西陆军第一军、广西陆军第二军、二十二混成旅和一个附属独立团。总司令陆荣廷，总参谋长李汉章。
第三师团为云南部队，辖下云南第一师、云南第二师、第二十七混成旅以及第二十八步兵旅。总司令唐继尧，总参谋长顾品珍。
第四师团为贵州部队，辖下第二十一师、贵州第一旅、贵州第二旅以及贵州第三混成旅。总司令刘显世，总参谋长王文华。
第五师团为福建部队，辖下福建第一、福建第二以及福建第三师。总司令许崇智，总参谋长张宗耀。
第六师团为四川部队，辖下四川第一师和四川第二师，此外还会由南方军务总参谋部调集资金和装备，预计半个月内编成独立炮兵团。总司令熊克武，总参谋长但懋辛。
第七师团是为综合部队，包括杨希闵的一个暂编师，以及刘震寰在贺州的残部。由于二人的兵力合起来还不足一万人，经过参谋总部短暂商议之后，决定拨出款项将全师团募足一万二千人，组建两个师的番号。总司令为蔡锷，总参谋长为杨希闵。
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