这次针对东三省的整顿不仅仅局限于军务上，包括行政上的相关事宜同样“顺便”处理清楚。毕竟东三省地处于关外，常年放任军阀割据以及列强势力错综勾结，突然要大刀阔斧的更改只怕会造成人心惶惶。因此吴绍霆特别制订了东北三省联省行政的办法，设置联省谘议局代替之前的东北三省总督府，同时规定联省谘议局是东三省最高民意机关，由各省谘议局选派特别议员组成。也就是说，吴绍霆在行政单位上故意增加了东北三省一级，其用意不仅是为了团结东三省内部，提供旧军阀系统向中央集权过渡的机会，同时也是为了应付中日冲突而铺垫统一的行政职能。
当然，严格的说东北三省并不是一个完全的行政级别，因为吴绍霆没有打算再设置一个东北三省最高长官，而联省谘议局议长仅仅是主持联省谘议局工作的人物，并没有治理东北三省的行政权力。各省的行政工作仍然是由各省最高长官来负责。
在各省最高长官一事上，吴绍霆毫不犹豫的取消了督军制度，从南京抽调专员北上，负责严格执行省长制度和建立完善的省级、市县级谘议局制度。不过在此之前，三省的省长基本上仍然是由昔日督军继任。黑龙江省省长是毕桂芳，吉林省省长是孟恩远，奉天省省长则是赵尔巽。从奉天省省长的任命上不难看出，这是吴绍霆坚持推行军政分离的一手，势必要彻底终结军政一体的军阀制度。
六月三日下午，奉天城东三省第一路军司令部大楼，也就是之前二十七师司令部。院子周围比平日增加了三倍的岗哨守卫，而院子内则停满了各式各样的车辆，不过所有车辆的车牌都挂着军用字号。吴绍霆昨天晚上发布了一项密令，通知目前在奉天省内的所有高级军官于今日前往第一路军司令部召开军事会议。
尽管在秘密命令发布下去时并没有提前告知这次会议的主题，但是所有受邀的军官听说是“军事会议”，不用刻意的去猜测就知道这是开战之前的部署会议。之所以选在第一路军司令部开会，那是因为苏家屯军营目前仍然过于简陋，而战前的部署会议是高度机密的内容，必须保证信息流通的安全。若是在南京时，这次会议必然会定在国防部“猎雕”作战室。
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