当明智军进入安土城的时候，城下町中教堂里的传教士们大为恐慌，他们一直受到信长的支持，现在信长被弑，凶手又是一名虔诚的佛教徒，这自然使他们感到前途一片茫然。于是传教士们就收拾了烛台、圣杯等弥撒用具，一齐乘船下湖，躲到两公里外一个小岛上去了。
可以说，光秀从六月二日发动了本能寺之变，到七日为止，他基本已经完全接收了信长父子在畿内地区的直辖领地。然而进一步的计划却受到了阻碍，他写信给与自己有姻亲关系的细川藤孝和好友筒井顺庆，要他们加入自己的阵营，以给织田旧将作出表率。然而藤孝一口拒绝了，顺庆却不肯作出明确回应，想要再观望一段时间再说。
劝说无效，光秀准备以武力相逼，于是领兵南下，先进攻驻扎在河内国的丹羽长秀所部。然而就在这个时候，他突然得到急报，一支打着金葫芦马标（主将的标志物）的军队已经从北部逼近洛中了。
“是秀吉？！”光秀大惊失色。
且说本能寺之变的同时，水淹高松城已经到了最后关头。清水宗治提出以自己一人切腹来挽救全体部下的性命，羽柴秀吉也答应，只要得到宗治的首级，好让他对主公信长有个交代，他就立刻退兵。就在此时，秀吉得到了本能寺之变的消息，他暗中收拾行装，做好退兵打算，明里却好整以暇地等待宗治切腹。六月四日，清水宗治穿着白色丧服，乘一叶小舟来到两军阵地中央，随即在舟中完成了切腹仪式。
在与毛利军交换停战文件后，秀吉匆匆挥师东归。就在此时，毛利方也得到了本能寺之变的消息，吉川元春建议全军展开追击，然而足智多谋的小早川隆景却说：“秀吉不仅是智勇双全的大将，并且怀有天下大志，如果我们违誓，他必恨之入骨，恐非吾家之福。”坚决主张退兵。毛利辉元最终采纳了隆景的建议。
于是没有后顾之忧的羽柴军匆匆东归，于六月八日回到秀吉位于播磨国内的主城姬路。次日清晨，大军从姬路城出发，以惊人的速度于十一日赶到了摄津国的尼崎地方。织田方多位城主如池田恒兴、堀秀政、高山重友、中川清秀等人陆续来合，到了十二日晚间，秀吉屯兵摄津的富田，总兵力已经超过三万。十三日晨，织田信长的三男织田信孝和重臣丹羽长秀也派使者前来联络。
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