沈默的苦恼也是百官的苦恼，因为在相位稳定后，徐阶终于腾出手来，开始刷新嘉靖朝浑浊不堪的吏治。
他首先开刀的自然是都察院，都察院御史职专纠劾百官，辩明冤枉，为反贪风纪之司，从成立的那天起，就是大明朝官僚体系的监督者，是朝廷对抗腐败，提高行政效率的不二法宝。
然而严党执政多年，早对都察院进行了数次清洗，将敢于直谏的正直之士或是罢官、或是流放，全换成自己的爪牙，将都察院变成了打击异己、保护自我的看门狗，使其监督纠察的作用荡然无存。许多不肯依附严党的能臣清官被都察院弹劾下台，而很多无德无能，贪婪成性的庸官赃官，却安然无恙，甚至得以高升。
所以徐阶的第一步，就是给左都御史胡植挪挪地方，倒也不愧他。直接改任了大明朝最肥的差事，也是严世蕃一直盘踞的位置……工部尚书。严党自然不甘心失败，在廷推时竭力反对，但徐阶已经是首辅，提前跟六部九卿打好招呼，尤其是在山西帮的支持下，取得了足足七成的支持票，将胡植踢出了都察院，并将右都御史刘焘顺利的扶正。
徐阶这回是用对人了，那刘焘虽然是进士，但靠带兵打仗以战功上位，生性嫉恶如仇、做事雷厉风行，绝对不怕得罪人。一上任，他便开始整治手下的御史队伍，立上一本奏曰：“朝廷设风宪，所以重耳目之寄，严纪纲之任。近年以来，未尽得人，妄逞威福，是非倒置，风纪废弛。臣请将阖院御史尽数开革；令各部院、各承宣布政使司重新保举，务要堂上官开具实行，移咨吏部，审察不谬，方可任用。其后有犯赃及不称职，举者同罪！”也就是说，将都察院一百多名御史全都解职。然后令中央地方各大员重新保举，且在任用后，如果出现犯赃或者不称职，举荐的人将同罪论处。
如此激进的方法，不要说嘉靖了，就连徐阶也不能答应，直接将其奏本打回，命其重拟方案，并要求“缓一点”、“轻一点”，刘焘修改后，又被打回，又修改、再打回，如是再三，他终于忍无可忍了，直接找到徐阶道：“这是最后的方案了，如果不答应，我就不干了。”
徐阶知道他说到做到，也不想打击他的积极性，终于同意了他最新方案——设一年考核期，综合考量查实的弹劾数目，以及涉案官员的分量。为所有御史排定名次，前三分之一者，将移文吏部予以晋升，后三分之一者，将以不称职弹劾，绝不姑息。同时命各部院、各布政使司，举荐合适人选，并将其表现，计入推荐者的考核中。
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