自由高达的事情，终究还是惊动了NERV背后的SEELE。
但是在夺魂咒的控制下，碇源堂应对自如将所有的锅都甩给M国，认为是他们将精力放在使徒上小看了各国高层，在SEELE渗透各国的同时，各国也未必没有渗透SEELE窃取技术。
甚至在窃取的技术的基础上，青出于蓝而胜于蓝。
碇源堂的这一番甩锅，成功让SEELE将部分精力放在对各国的秘密调查上。
出现一个自由高达已经让他们无法忍受，万一出现更多自由高达，无论对于SEELE还是NERV都是灭顶之灾，毕竟各国明面上统治着全球人类，失去科技和经济的绝对优势，他们怎么在幕后掌控全球局势？
李牧这边成功转移了SEELE的注意力，NERV这边也开始转型。
虽然NERV是SEELE的附属机构，NERV存在的目的也是最终灭绝全人类。
但是整个NERV知道这个真相的只有极个别人，剩下的都以为他们的工作是借助EVA抵御使徒守护人类，根本不知道他们在不知不觉间成为了推进人类走向灭亡的刽子手。
李牧用了几天时间，借助舰载光脑完全掌控了NERV的超级电脑三贤人超级计算机系统，然后入侵掌控了全球的分系统，虽然这个世界的克隆技术和武器技术都非常高端，但是电脑技术和舰载光脑相比那就差远了。
所以借助舰载光脑，他能秘密掌控全球所有的信息通讯。
同时在这几天时间，他还找到了SEELE潜入NERV负责监视的所有暗子。
这些暗子，李牧全部都秘密抓捕使用遗忘咒和摄神取念洗脑。
精神污染和夺魂咒，会因为这个世界人类灵魂的外壳和灵魂物质的作用逐渐失效。
但是直接针对记忆而不针对精神意识，那么进行的修改就不会逐渐失效。
通过洗脑，这些SEELE的暗子全部都已经更改效忠目标。
从此以后他们传回去的所有消息，都是李牧想让SEELE知道的消息，他不想让SEELE知道的事情，除非SEELE派人来NERV进行实地调查，才有可能知道NERV已经完全脱离SEELE的掌控。
成功摆脱了SEELE，李牧第一时间将源自先驱一族的生化技术拿了出来。
然后调集整个基地的力量，对现有的零号机和初号机进行改造。
具体过程为强化零号机，然后彻底改造初号机。
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