查理五世在西班牙的继承人是他的儿子，在西班牙被称为菲利普二世。
这位国王是虔诚的天主教徒，有着杰出的军事能力以及非常糟糕的经济头脑。
作为天主教的保护者，菲利普二世在位时期，与奥斯曼帝国在欧洲多个地方多次爆发大规模战争。虽然这些战争大多数他都获得了胜利，并且取得了地中海的制海权，把曾经强盛一时的奥斯曼海军压制在了地中海东岸。但是连年的战争，导致西班牙本就负债累累的国库更是不堪重负。
与此同时，他还派出无敌舰队远征英格兰，屡败屡战。虽说最终让英格兰筋疲力尽，使得西班牙继续掌控大西洋的海权。但除了加重国库负担外，还使得当时世界最强的西班牙海军走向了衰落。
为了镇压尼德兰北方七省的独立运动，他在这里数十年如一日的投入重兵。
为了和法国争夺意大利北部控制权，西班牙和法国反复交战……
为了镇压美洲土著的反抗，持续在美洲投入重兵……
他是狂热的天主教徒，新教徒和异教徒对于他而言只有两个字：敌人。除了耗费大量资金和人力在欧洲各地扑灭新教徒的反抗，兴建大量宗教裁判所，让很多新教徒化为灰烬外。他还在国内强制迁徙摩尔人（西班牙和葡萄牙所在的伊比利亚半岛曾经被阿拉伯帝国征服，这里说的摩尔人是柏柏尔人和伊比利亚半岛土著居民结合后的后裔。他们在阿拉伯帝国统治伊比利亚半岛时期信仰星月教。后来随着西班牙和葡萄牙的崛起而逐渐改宗天主教）。由此导致国内爆发大规模叛乱和内战不说，还让西班牙失去了国内最好的农民。
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