一六零九年四月，朱由栋的奏章通过通政司进入内阁。内阁的两位阁老叶向高、李三才在票拟上签的意见是“拟按议行事，着兵部办理”。之后司礼监这边也飞快的批红，并迅速转交给兵部。
兵部拿到这封奏章后，上下官员高兴坏了，走流程般的问了兵科给事中的意见并且自然没有被封驳后，马上就开始具体操办起来。
到了这一年的六月，兵部拿出了整套方案：
其一，准予重新充实横海卫，按大明祖制，将横海卫恢复到五千六百户标准。鉴于此时横海卫只有三十余户，所差户数，建议由户部协调各地方，尤其是前些年水患严重的河南归德府、南直隶的徐州、淮安府等地负责凑足相关户数。
其二，兵部重新核定横海卫武官编制，计指挥使一，千户五、百户五十、总旗一百、小旗五百。以上编制，兵部负责从各军镇抽调杰出将门子弟担任指挥使、千户、百户等官职。总旗、小旗待户部移交户数满额后，由横海卫选拔后交兵部备案。
其三，协调户部，划拨靖江岛南岸一千顷（66.6平方公里）沙地为横海卫驻屯地。
其四，横海卫自万历三十九年（1611）起，每年向朝廷缴纳粮食、特产等，合计折银五万两。这笔银两，全部纳入兵部。
户部在接到兵部交过来的方案后，马上回复：前面三条没问题，最后一条，建议两部平分。
然后两个部门在经过长达三个月的扯皮后，在李三才的反复协调下，最后达成协议：兵部三万，户部两万。
至此，大明中央政府各个部门全部达成共识，横海卫复建一事就正式的进入了具体操作阶段。
在这中间，当然有御史提出反对意见，说什么如此置靖江百姓于何地之类的话。但是这些杂音，在北京各方大佬的集体弹压下，也只是溅起了一点水花，之后便了无声息了。
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