时间来到了天启二十二年（1640）的一月，在这一年的元宵节后，大明的中枢进行了较大的调整。
首辅袁可立、人事部尚书孙承宗、科技部尚书徐光启、枢密院使熊廷弼、教育部尚书张以诚等人，全都因为年事已高乞骸骨。朱由栋在象征性的挽留后，允许他们致仕。并给予他们丰厚的赏赐，准许他们回乡安度晚年。
至此，帝师党完成了自己的历史使命，完全的退出了历史舞台。
年龄问题是任何人都无法抗拒的，除了五位七八十岁的帝师，还有诸如国防部尚书杨镐、司法部尚书王在晋、兵役总局局长李世忠、农业部尚书王绍徵、左都御史赵彦等，也因为年龄的原因，先后致仕了。
旧人走了，新人就要上来。经过多方商议、妥协，最后朱由栋通盘考虑后，大明新的中枢机构主要职位以一批年龄在四五十岁上下为主的官员所填充。
首相：马士英。副相：原驻藏大臣李嘉。人事部尚书：黄道周。
这是大明中枢最重要的三个官职，身为温体仁弟子的马士英，方山出身的第一学长李嘉，以及袁可立的弟子黄道周。三人来自不同的派系，但又全都经历了地方和中枢的历练，足以保证朱由栋不会大权旁落的同时，国家还能有序运转。
新任枢密院使：颜思齐。新任国防部尚书：赵率教。新任兵役总局局长，是以前担任全国后备役军事训练总监的左良玉中将——这一位，以前因为朱由栋的惯性思维作祟，本能的不太愿意让其领兵。但是其子左梦庚在开伯尔的上佳表现，使得朱由栋愿意给这位历史本位面中的明末大将一个新的机会。
新任科技部尚书孙元化，农业部尚书顾秉谦，司法部尚书洪承畴，原税务总局局长，方山系出身的王华钦转任审计署署长。原审计署署长信王朱由检出任左都御史——这才是朱由检最喜欢的职位。审计的主要工作是监管地方立法、政府开支和预决算。都察院才是正经的查处贪官污吏的地方。
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